Представители Яндекс.Метрики ответили, что инструмент Вебвизор работает не в полную силу, особенно это касается клиентов с большими объемами трафика.
Вебвизор рандомно записывает 1000 визитов в сутки, и так может статься, что в их число не попадут целевые визиты.